【商学部】履修登録に関して、フリーゾーンについてよくわかっていません。 基本科目の必要単位数である16単位を超えて習得した科目もフリーゾーンに入りますか？

卒業に必要な単位数-各科目群の必要単位数で出る数字がフリーゾーンです。(おそらく12単位ほどになるはずです)
基本科目やその他科目群の必要単位数を超えた分もフリーゾーンにカウントされます。従って、基本科目の16単位を超えた分はフリーゾーンにカウントされます