【政治経済学部】抽選科目の登録をしたのですが、履修単位上限を超えて申し込みしてしまいました。削除しようとしてもできないのですが、このことによりなにか不具合はおこるのでしょうか。

そのことに関する記載がシラバスにないので難しいのですが、履修登録期間終了時に上限単位数に収まっていれば大丈夫だと思います。システム上、上限単位数を超過していることに関してはエラーなどが出ないので注意してください。
削除は可能です。削除したい科目の曜日・時間を選択し「aモジュールのみ取り消し」を押したのち、申し込みボタンを押しましょう。