【政治経済学部】体調不良のため、健康診断を期間内に受けることが難しそうです。この場合、体育が受けられないとのことですが、単位を落としたことになるのでしょうか。

オーメイジのお知らせに「大学が発行する「健康診断証明書」の取得には、当該年度の定期健康診断受診が必須です。受診漏れがないようにご注意ください。未受診の方が健康診断証明書を発行する場合、学外の医療機関において、自己負担（5,000円～1万円程度）で発行する必要があります。」
とあるので、学外で受診する必要があります。
体育に関してですが、初回授業で担当の先生に健康診断が受診できなかった旨を説明して指示を仰いでください。もしかしたら受診するまでは欠席扱いなどになる可能性もありますが（わからないけど）、落単はないと思うので大丈夫です。
お大事になさってください。