【政治経済学部】必修の第二外国語の先生と、選択で取ろうとしている第二外国語の先生が同じ場合、授業の内容が違っていたとしても取ることはできないのでしょうか？

質問者さんが1年生か2年生かで変わってくるのですが、1年生でしたらそもそも2外の授業を自分で選択して履修することはできません。2年生なのだとしたら、同年度に同一の先生がクラスと選択の授業を２つ開講していることはないと思いますのでもう一度確認してみてください。
1年次にクラス指定の授業で受けていた先生の授業を2年生の選択で取るということでしたら、それは可能です。